Корень в слове «ФЛАГ-КАПИТАН» — КАПИТАН. Мы подобрали 9 однокоренных слов и разделили их по частям речи.
Часть речи «прилагательное»: капитанский, капитанской.
Часть речи «существительное»: инженер-капитан, капитан, капитан-директор, капитан-исправник, капитан-лейтенант-инженер, капитанов, флаг-капитан.